1.科目設置
(1)一般納稅企業
在“應交稅費”科目下設置“應交稅費——應交增值稅”和“應交稅費——未交增值稅”兩個明細科目進行核算，其中，“應交稅費——應交增值稅”科目分別設置“進項稅額”、“已交稅金”、“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉出”等專欄。
(2)小規模納稅企業
設置“應交稅費——應交增值稅”科目。
2.一般納稅企業購入免稅農產品的會計處理
購入免稅農產品可以按買價和規定的扣除率計算進項稅額，并準予從銷項稅額中扣除。
3.小規模納稅企業的會計處理
(1)購進貨物
支付的增值稅計入貨物成本。
(2)銷售貨物
銷售額=含稅銷售額÷(1+征收率)
4.視同銷售的會計處理
例如，一般納稅企業購建辦公樓等不動產領用本企業產品，應確認銷項稅額，將其計入工程成本。
5.不予抵扣項目的會計處理
(1)購入貨物時即能認定其進項稅額不能抵扣的,直接計入取得貨物的成本。
(2)購入貨物時不能直接認定其進項稅額能否抵扣的，其增值稅專用發票上注明的增值稅額，記入“應交稅費——應交增值稅(進項稅額)”科目，如果這部分購入貨物以后用于按規定不得抵扣進項稅額項目的，應將原已計入進項稅額并已支付的增值稅轉入有關的承擔者予以承擔。
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