土地增值稅與企業所得稅是完全不一樣的計稅原理，如果想借鑒企業所得稅政策解決是根本行不通的。
由于公司合并而導致的土增清算，在整個土地增值稅體系內只有一句話，就是財稅20155號，說什么呢?說房地產公司應該清算，不適用不征稅政策。問題是，怎么征收呢?目前為止，沒有查到一份文件。這算是土增中的最前沿問題了。下面基于實戰過的案例做一個分析，由于案例有限，所以難免以偏概全。首先，我們要明確，不同開發狀態的房產會按不同的清算方法。
一、合并階段的清算
1、自用或出租房產
這個簡單了，舊房清算。
2、未達到預售狀態的在建工程
這個按新房清算，江浙滬三地的實踐結果來看，相當一部分地區不可以加計扣除成本，按在建工程整體轉讓核定轉讓價格。但是廣州最近有案例，可以加計扣除，掌握口徑是，只要取得施工許可證(開工)即視為實質開發，可以加計扣除成本。根據110號的精神，個人認為，最少可以加計扣除實際開發成本部分，土地成本部分存疑。
3、最麻煩是這種，就是達到了預售的狀態，對最終業主完成了部分銷售，還有一部分沒有銷售。
土增采取的項目清算，因而從原理的角度，應該是整個項目進行清算，那么清算的收入=已售給小業主的價格+未售的核定價格(按土增核定三原則)
在這種情況下，是否可以加計扣除呢?有可以的，有不可以的。沒個定論。這是常規的做法，個人認為加計扣除是沒有任何問題的。但是還有原創性的，售給小業主的加計，未售的不加計。這個從邏輯的角度是存在自相矛盾的。如果認定為實質性開發，就應該全部加計，否則就是不加計。個人認為，這種情況下的清算，屬于提前清算，既然銷售價格是按房屋銷售全額計算確認的，而不是按實際開發狀態按在建工程計算的，那么成本自然也應該是按房產全額開發成本計算，而不是按照實際開發狀態計算。這里最大的問題，就是要開發商提前進行決算與開票。
以上是正確的思考方式。
還有一種思考方式，就是認為未售的部分不納入清算范圍，這樣就完全違反財稅20155號，將未售的部分作為尾盤在合并后的存續公司清算。這種處理方式比較簡單，但是沒有尊重文件，現實操作中的確有這種案例。
二、合并后的再銷售清算
相對于合并清算階段的土增清算，合并后再銷售的清算就更復雜了，從原理的角度更是難以自圓其說。還是按三種開發階段表述。
1、自用或出租房產
這個簡單了，舊房清算。
2、未達到預售狀態的在建工程
目前按文件，購入在建工程再開發，如果是重新立項，則作為新項目重新清算加計扣除沒有任何的問題。但是如果沒有重新立項，而是老項目分兩個公司開發，問題就非常多了，第一，出現了一個項目清算了兩次，這是原理上最大的不通。第二，是否可以加計扣除的問題。徐永輝與張春及李毓都認為可以加計，我也沒有找到不可以加計的理由。個人認為文件角度是可以加計的，但是在實操中的溝通是非常難的。
3、達到了預售的狀態，對最終業主完成了部分銷售，還有一部分沒有銷售。
矛盾的集中點就是原來沒銷售的那部分現在又面向小業主銷售，到底是屬于原項目尾盤銷售，還是屬于新項目重新新建清算，還是屬于舊房。
可能多數稅務機關，從操作簡單的角度，會傾向于按原項目尾盤清算處理，但是這種觀點是錯誤的。因為原合并環節原項目已經完成了清算，所以不可能是按尾盤清算處理。
那么是否是新建項目呢?(徐永輝認為是屬于新建項目)
這要根據上一道清算是按在建工程清算，還是按房屋銷售清算來區分。如果預售的房屋按在建工程清算，是不符合房地產開發的相關規定的，畢竟房屋預售取得的是房屋預售許可證，不是在建工程銷售許可證，取得預售證的房屋是按房屋銷售的，不是按在建工程銷售的，只能按銷售房屋清算。
從土地增值稅的角度，原項目完成土增清算后，這些房屋已經成為了銷售完的房屋，這個項目作為新建房已經全部完成了土增清算。那么再銷售應該視作合并存續公司從被合并方購入房屋再銷售處理，這在土增體系是按舊房處理，雖然從營業稅的角度，合并屬于不征稅業務，但是從土地增值稅的角度，這些房屋屬于舊房，應該按舊房進行清算。
以上是土增清算的全部原理性推導，實踐中的差異不一，與當地稅務機關對于土增的政策理解程度有很大關系。
談點個人的看法：
1、轉讓在建工程是否加計扣除?這不是企業合并中特有的問題，而是土地增值稅實務中一個欠明確的問題，個人認為，轉讓在建工程開發費加扣應該沒有問題。在土地轉讓中，一般的觀點也是傾向于，如果是沒有進行任何開發而轉讓，是不能加扣的。但如果進行了土地開發，如三通一平等，土地成本不能加扣，但開發成本也可以加扣。土地進行了初步開發尚且可以加扣，在建工程開發費為什么不能加扣呢?
2、達到了預售狀態，完成了部分銷售，還有部分沒銷售，只清算已銷售部分還是全部清算?個人認為應全部清算，對整個項目清算。未銷售部分參照已銷售部分的價格確認收入。沒銷售部分開發成本可以加扣。
至于未完成的開發部分，也沒有取得發票，如果完全不準扣除好象道理上講不過去，但提前決算開票似乎也不現實。提前進行決算，發票也全部開了，以后的工程款由誰支付，怎么把握?這部分工程款算不算合并成本?我認為，對于工程沒完工的部分扣除項目可以核定，土地增值稅本就有核定施工成本的文件規定。
3、合并后再銷售在建工程。如果重新立項按新項目清算。如果沒有重新立項，而是同一個項目由兩個公司開發，后面公司銷售時我認為也應該重新清算，雖說是同一個項目，但已經是不同的納稅人了，所以不違背什么原則。但兩次清算兩次加扣，無疑是沒道理的，但土地增值稅偏偏有個加扣20%的奇葩規定也沒辦法。不僅僅在這個方面，土地增值稅的很多棘手的問題不好解決都是因為這個加扣的原因。
4、合并后再銷售達到預售狀態的房屋。個人認為，與銷售在建工程一樣，都應該按新項目清算。
另，我認為，土地增值稅與企業所得稅是完全不一樣的計稅原理，如果想借鑒企業所得稅政策解決土地增值稅問題是根本行不通的。
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